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Liens connexes
- Page officielle de V_Sim (1989 hits)
- Copies d'écran et quelques fonctionnalités présentées en images (2768 hits)
- Licence CeCILL (255 hits)
- Télécharger les sources ou des paquets Debian (302 hits)
- Rasmol, un logiciel de représentation moléculaire (269 hits)
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Articles : Un logiciel de visualisation 3D sous licence CeCILL
Posté par Damien Caliste (page perso, ). Modéré le 23 septembre 2005.Côté technique, ce logiciel est basé sur GTK pour l'interface et sur OpenGl pour le rendu 3D. Il fonctionne aussi bien sous Linux que sous Windows et sa licence est la CeCILL.
Au niveau des fonctionnalités, V_Sim se rapproche de Rasmol, logiciel bien connu de représentation de molécules. Il apporte néanmoins de nouvelles possibilités comme celle d'enchaîner l'affichage de plusieurs fichiers à la suite, créant un petit film animé à l'écran durant lequel les rotations de la caméra restent possibles. D'autres fonctions sont présentées dans la suite de l'article.
Page officielle de V_Sim (1989 hits)
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Télécharger les sources ou des paquets Debian (302 hits)
Rasmol, un logiciel de représentation moléculaire (269 hits)
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Entre les atomes, on peut tracer des liaisons. On peut aussi tracer des plans pour matérialiser des plans cristallins particuliers ou encore tracer des volumes correspondant aux iso-surfaces d'un champ scalaire.
En plus de la simple représentation à l'écran, il est possible d'interagir avec le système dessiné en faisant tourner la caméra autour, en zoomant ou en changeant la perspective. On peut obtenir des informations sur les distances et les angles entre les éléments du système ou encore effectuer des translations périodiques, masquer certaines parties...
V_Sim est disponible sous forme de sources (le logiciel est programmé en C) ou de binaires compilés pour Windows ou pour Debian (machines i386 et Alpha). On trouve aussi un répertoire « examples » dans l'archive permettant de tester rapidement les différentes possibilités.
Les captures
Chacun appréciera les goûts de couleurs des chercheus dans les captures présentées : de l'orange vif au vert fluo dans toute l'interface graphique, je crois qu'on peut dire qu'ils ont embauchés jacky :)
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[^]Re: Les captures
Posté par ♪♬♬♩ ♫♪♬♩ () le 23/09/2005 à 17:04. (lien). Évalué à 1.Tu oublies les captures d'écran sous KDE d'un logiciel en GTK :-)
http://www-drfmc.cea.fr/sp2m/L_Sim/V_Sim/images/screenshots/v_sim-m(...)-
[^]Re: Les captures
Posté par salvaire () le 23/09/2005 à 19:08. (lien). Évalué à 1.Pourquoi, tu savais pas que sous Linux on peut changer le thème, faire tourner une application en GTK sous KDE et vice et versa?
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[^]Re: Les captures
Posté par ♪♬♬♩ ♫♪♬♩ () le 23/09/2005 à 21:15. (lien). Évalué à 1.Ah merde, tu viens de m'apprendre un truc, moi qui utilisais Gimp et aMule sous KDE comme un con depuis tout ce temps... ;-)
J'espère qu'à la vue des captures d'écrans aux couleurs flashy, tu auras compris que je ne faisais que souligner une incohérence de plus.-
[^]Re: Les captures
Posté par salvaire () le 23/09/2005 à 21:39. (lien). Évalué à 2.moi qui utilisais Gimp et aMule sous KDE
Ah bon, toi aussi t'est pas cohérent?-
[^]Re: Les captures
Posté par ♪♬♬♩ ♫♪♬♩ () le 23/09/2005 à 22:10. (lien). Évalué à 4.Non, je n'ai juste pas le choix.
Quoi que, Krita semble être vraiment excellent lui, et super bien intégré à KDE !
D'ailleurs, vivement qu'un kmule sorte, d'ailleurs, ça me tente depuis pas mal de temps d'essayer de le faire pour apprendre à programmer sous linux/kde, mais bon, « pas le temps » :-)-
[^]Re: Les captures
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[^]Re: Les captures
Posté par Damien Caliste (page perso, ) le 26/09/2005 à 07:02. (lien). Évalué à 1.Eh ouais, les goûts et les couleurs étant des sujets de trolls interminables, il y a bien sûr une option dans le fichier de configuration (v_sim.par) qui sert à ne pas charger le fichier de ressources GTK (v_sim.rc) pour avoir le rendu de base de GTK comme pour les autres logiciels, ou bien qui sert aussi à en spécifier un autre.
il y a aussi vmd, pymol...
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
http://pymol.sourceforge.net/
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[^]ainsi que chimera, molmol....
Posté par aurel (page perso, ) le 23/09/2005 à 17:03. (lien). Évalué à 5.http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ImageGallery/(...)
http://hugin.ethz.ch/wuthrich/software/molmol/gallery.html(...)
64bits ?
Rasmol est un vieux projet, il ne semble pas être possible de la compiler sur archi 64 bits (dixit...des gens qui on essayé...).
Le projet qui a succédé à rasmol n'a malheureusement pas été porté sous *nix/linux. Seule une version windows est disponible...le truc s'appel "protein explorer"
Je n'ai pas machine 64 bits sous la main mais j'aurai besoin de savoir si V_Sim est compilable sur archi 64 bits
Est ce qu'une bonne âme équipé de ce type de matos peut faire le test ?
Merci d'avance !
Engendrer sans chercher à posséder, accomplir sans en revendiquer le mérite, guider sans dominer, telle est la vertu suprême. (attribué à Lǎo Zi, -500 av JC)
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[^]Re: 64bits ?
Posté par Neni (page perso, ) le 23/09/2005 à 19:03. (lien). Évalué à 4.La compilation passe sans problème en 64 bits avec gcc4 (ubuntu breezy). Pas de gros mot.
Par contre, je n'arrive pas à le lancer pour une histoire d'initialisation de GLX (mais cela vient certainement de ma configuration).-
[^]Re: 64bits ?
Posté par brunus (page perso, ) le 24/09/2005 à 07:32. (lien). Évalué à 1.Ok merci bien pour le test.
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Engendrer sans chercher à posséder, accomplir sans en revendiquer le mérite, guider sans dominer, telle est la vertu suprême. (attribué à Lǎo Zi, -500 av JC)
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[^]Re: 64bits ?
Posté par Damien Caliste (page perso, ) le 26/09/2005 à 06:59. (lien). Évalué à 1.Si ça râle à cause d'une initialisation de GLX, c'est peut-être que les drivers OpenGl n'ont pas été installés sur ta machine. Par exemple, est-ce que quand tu tapes glxgears tu vois une petite fenêtre avec des engrenages qui tournent? Si ce n'est pas le cas, tu dois installer OpenGl en utilisant les drivers fournis par le constructeur de ta carte vidéo (souvent des pilotes accélérés) ou par ta distribution (qui peuvent être accélérés ou non selon la marque de ta carte). Pour une implémentation logiciel d'OpenGl, il faut installer libmesaglu et libmesagl. Note toutefois que les noms ont peut-être bien changés avec le passage à Xorg.
Si tu as vu les petits engrenages, c'est qu'il y a (encore?) un bug dans le codage de la partie qui appelle OpenGl dans V_Sim, pfouuu....
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[^]Re: 64bits ?
Posté par Damien Caliste (page perso, ) le 26/09/2005 à 06:53. (lien). Évalué à 1.Normalement, ça fonctionne. Nous l'utilisons ici sur machines alpha sous Linux. Ça marche comme sur Intel, même si la compilation sur 64bits a permis de corriger quelques petites erreurs par-ci par-là.
[+] Langue
Un répertoire "Examples"... Le CEA a encore des progrès à faire en orthographe ;-) .
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[^]Re: Langue
Enfin
Enfin une alternative libre aux "Experts à Miami"



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